L'autorité suprême de l'ACFEB est constituée par son Assemblée Générale, composée des seuls membres Actifs, et réunie conformément au Règlement.

L'Assemblée Générale se tient au moins une fois par an. Entre les Assemblées Générales, l'ACFEB est administrée par un Conseil d'Administration qui comprend :

• un Bureau exécutif de quatre membres : le Président, le Vice-Président, le Secrétaire et le Trésorier,
• quatre consulteurs : deux représentants des groupes de biblistes, un consulteur désigné par l'Episcopat français et le Directeur du Service "Evangile et Vie"
• un délégué par groupe régional élu par les membres de son groupe